呼吸道合胞病毒是引起5岁以下儿童急性下呼吸道感染最重要的病毒病原体，占所有儿童急性下呼吸道感染的22%。据报道，全球每年约有270万-380万5岁以下儿童因呼吸道合胞病毒感染住院，4.8万-7.5万人死亡。呼吸道合胞病毒可导致婴幼儿毛细支气管炎和肺炎，严重者可发生呼吸衰竭，甚至死亡。也可引起上呼吸道感染或中耳炎。
流感病毒是急性呼吸道感染的重要病原体，人群普遍易感，儿童和老年人感染后危害最为严重，每年可引起季节性流行，亦可引起暴发疫情。流感病毒感染后引起的临床表现轻重不一，包括无症状感染、上下呼吸道感染，重症可进展为肺炎，并发心肌炎、脑膜炎或脑炎，甚至危及生命。
副流感病毒主要导致儿童和青少年呼吸道感染性疾病，是仅次于呼吸道合胞病毒的第二大引起儿童呼吸道感染住院的病原体。副流感病毒感染可以引起鼻炎、咽炎、喉炎、气管支气管炎、细支气管炎和肺炎等，也可引起鼻窦炎和中耳炎。
HRV长期以来被认为是“普通感冒”的主要病原体，主要引起上呼吸道感染。据统计，每年有30%-50%的呼吸道感染疾病与HRV感染有关。儿童是HRV的易感人群，据报道，有60%-80%在急诊科就诊的哮喘发作患儿伴有HRV感染，在3岁以下被诊断为毛细支气管炎的住院儿童病例中，约50%的婴儿感染合并HRV感染，几乎所有婴儿在出生1年后均会经历至少一次的HRV感染。
HRV感染后主要表现为普通感染症状，可引起喘息和哮喘急性加重。也可引起婴幼儿的支气管炎和毛细支气管炎。
腺病毒感染可表现为上下呼吸道感染，是儿童重症肺炎的重要病原体，可导致危重患者出现休克、呼吸道衰竭、弥散性血管内凝血等，甚至导致死亡。
人偏肺病毒是导致儿童呼吸道感染的重要原体之一。在急性呼吸道感染住院患者中，人偏肺病毒感染约占6.24%。严重者可发展为细支气管炎和肺炎。也可能导致中枢神经系统疾病，如癫痫、脑炎等。
冠状病毒是上呼吸道感染常见病原体，其中15%-30%的普通感冒是由冠状病毒引起的。可分为普通冠状病毒和高致病性冠状病毒。
1）普通冠状病毒
引起儿童呼吸道感染的常见普通HCoV有4种，分别为α属的HCoV-229E、HCoV-NL63，β属的HCoV-OC43、HCoV-HKU1。通常引起上呼吸道感染，多为自限性，但在婴幼儿、老年人或免疫缺陷患者也可引起严重的下呼吸道感染，表现为喘息、气促等。
2）高致病性冠状病毒
如SARS、MERS、SARS-CoV-2。
博卡病毒感染的临床表现与呼吸道其他病毒相比无特异性，轻者可无症状，或发热、流涕、咳嗽等，重者可致喘息、呼吸困难等，甚至死亡。
肠道病毒在急性呼吸道感染中阳性检出率为4.7%-16.2%。肠道病毒大多数血清型对人类可致病，即可表现为无症状或者上下呼吸道感染，也可引起包括急性出血性结膜炎、病毒性脑炎、急性迟缓性麻痹、病毒性心肌炎等严重疾病。
10、麻疹病毒（Measles virus，MeV）
麻疹可有喉炎、肺炎、心肌炎、脑炎及亚急性硬化性全脑炎等多种并发症，其中肺炎是导致麻疹患儿死亡的最主要原因。
11、腮腺炎病毒（Mumps virus， MuV)
腮腺炎病毒可引起脑膜脑炎、睾丸炎、心肌炎、胰腺炎、肾炎等严重并发症。
12、风疹病毒（Rubella virus ，RV)
风疹通常是一种自限性疾病，但可以并发心肌炎、关节炎、肾炎、肝炎及脑炎等。妊娠前12周的RV感染对宫内发育的胎儿可能是灾难性的，可导致流产、早产、宫内胎儿死亡、宫内发育迟缓和先天性风疹综合征（CRS)，出生的第１年死亡率很高，85％有低出生体质量。
13、水痘-带状疱疹病毒（varicella-zoster virus，VZV)
VZV可引起2种不同的疾病，即水痘（varicella）和带状疱疹（herpes zoster）。VZV原发感染引起水痘，水痘愈后残余的病毒可在背根神经和颅神经节内潜伏，当机体抵抗力降低时，VZV特异性细胞免疫下降，潜伏的病毒再激活则引起带状疱疹。水痘病情通常是轻微的，但也可能导致严重并发症，如继发细菌感染（蜂窝组织炎、肺炎等）和神经系统并发症（脑膜炎），甚至致命。
具有β溶血性特点，也称为A组β溶血性链球菌，是致病力最强的链球菌。主要引起上呼吸道感染，包括咽扁桃体炎、化脓性中耳炎、鼻窦炎等，较少引起肺炎和胸膜炎，也可引起肾小球肾炎和急性风湿热。
可引起上下呼吸道感染，是儿童社区获得性肺炎最常见的细菌性病原体。
可引起急性中耳炎、急性上颌窦炎、迁延性细菌性支气管炎、肺炎等。
除了引起上呼吸道感染外，还可导致支气管炎、肺炎、肺脓肿、肺大疱、胸膜炎等。
百日咳导致肺炎的比例高达25%-88%，部分合并肺不张，极少见侵袭致胸膜炎。
可导致腹泻、尿路感染，在呼吸系统常致新生儿和小婴儿肺炎，可伴有脓胸等。
是社区和医院获得性肺炎的重要细菌性病原体，尤其是碳青霉烯耐药和高毒力肺炎克雷伯菌，肺部可形成空洞、单个或多个脓腔，与其他细菌比较，并发菌血症机会较多。
结核病是由一群关系密切的分枝杆菌引起的，统称为结核分枝杆菌复合群，包含至少13个成员，对人类致病的主要为人型，其次是牛型。主要引起原发性肺结核、血型播散性肺结核、支气管内膜结核及胸膜炎等。
是医院内感染的条件致病菌之一，常常引起术后伤口感染、褥疮、脓肿、化脓性中耳炎等，也是呼吸机相关性肺炎的常见原因。
白喉是由产生毒素的白喉杆菌所引起的一种急性呼吸道传染病。白喉可能累及任何组织器官黏膜，包括鼻、咽、扁桃体、喉、皮肤、眼和生殖器等。
11、脑膜炎奈瑟球菌（Nesseria meningitidis，Nm)
人感染脑膜炎球菌后可无症状，也可引起严重的侵袭性疾病，Ｎｍ感染的临床表现类型主要为脑膜炎和败血症，其中脑膜炎又称流脑，严重者可有脓毒性休克和脑实质损害，部分Ｎｍ感染患者表现为暴发起病，可导致迅速死亡。
肺炎支原体是呼吸道感染常见的病原体之一，全球感染类高达9.6%-66.7%，且有逐年增高的趋势。肺炎支原体以学龄儿童多见，表现为阵发性刺激性咳嗽，以夜间为重，可少量黏痰或黏液脓性痰，有时咳中带血，也可有呼吸困难、胸痛。发热可持续2-3周，体温正常后仍可遗有咳嗽。严重肺炎支原体感染可出现肺内肺外并发症的重症肺炎。
可引起人类致病的衣原体包括沙眼衣原体（Chlamydia trachomatis，Ct）、肺炎衣原体（Chlamydia pneumonia，CP）、鹦鹉热衣原体。其中沙眼衣原体可引起结膜炎和婴幼儿肺炎。肺炎衣原体是引起的呼吸道感染约70%是无症状 的或仅具有轻度症状，约30%为社区获得性肺炎。
军团菌中与人类疾病最密切的是嗜肺军团菌（Legionella pneumophila，LP)，其可引起社区性肺炎，特别是重症肺炎，还可引起医院内感染和旅游性肺炎。
多种假丝酵母菌都能引起临床症状，但儿童以白色假丝酵母菌（Candida albicans，白念珠菌）感染最常见。临床表现不一，可表现为局部黏膜感染，也可表现为广泛性散播，累计多系统器官。
组织胞浆菌病经常被误诊为社区获得性肺炎，只有在经验性抗菌药物治疗无效后才会考虑该诊断。
隐球菌在世界范围内广泛分布，其中新型隐球菌（Cryptococcus neoformans）感染最为多见。中枢神经系统和肺部是最常受累的器官，可表现为致命性脑膜脑炎和/或肺炎，此外还可累及皮肤、软组织、骨、关节、骨髓和淋巴结等。
曲霉菌感染多见于宿主免疫抑制情况下。侵袭性曲霉菌病最常累及肺部。烟曲霉（Aspergillus)亦可引起变应性支气管肺曲霉病，急性期主要为咳嗽、喘息、咳痰、咳血及发热。曲霉还可引起中枢神经系统疾病。
毛霉菌感染在儿童中发病率逐渐升高，与免疫受损或其他免疫抑制患儿生存率的提高有关。毛霉菌病的特征为菌丝侵犯血管系统导致宿主组织梗死和坏死。鼻脑型毛霉菌病表现为急性鼻窦炎、伴发热、鼻充血、脓性鼻分泌物、头痛和鼻窦区疼痛。肺毛霉菌病主要表现为发热伴咳血，亦有肺梗死及血栓形成。
马尔尼菲蓝状菌可引起全身性真菌感染，主要来自东南亚和中国南方，在免疫功能低下者中会发生蓝状菌病，症状和体征不一，轻则为单纯性皮肤病变，重则发生呼吸衰竭和循环衰竭，呼吸系统受累可表现咳嗽、发热、呼吸困难和胸痛等。
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